La metropolitana di Manila è costituita da due linee della metropolitana leggera e di una linea della metropolitana tradizionale. Di solito come parte della metropolitana di Manila includono la linea dei treni suburbani. Ogni sistema è controllato da un operatore separato. Tutte le linee hanno il loro nome e colore: LRT1 (verde), LRT2 (blu), MRT3 (giallo), PNR (arancione). La lunghezza totale dei binari è di 106,44 km, dove per i passeggeri operano 60 stazioni. Gli orari di apertura della metropolitana di Manila dipende dal particolare operatore. Le linee LRT funzionano dalle 5:00 alle 22:00 nei giorni feriali e dalle 6:00 alle 20:00 nei fine settimana, MRT dalle 5:30 alle 23:00 nei giorni feriali e alle 22:00 nei fine settimana, PNR dalle 5:00: alle 20:00 alle 20:00
Il costo del viaggio nella metropolitana di Manila dipende dalla distanza e varia da 13 a 60 PHP. Ogni operatore e ogni linea ha il proprio tipo di biglietto separato, quindi quando si passa a un altro tipo di linea o metropolitana, è necessario acquistare un nuovo biglietto. Per comodità ed economia, è meglio pagare per viaggiare con la smart card Beep, che è valido su tutte le linee della metropolitana. Il costo di emissione di una scheda è 31 PHP, di cui 11 PHP sono contabilizzati, e 20 PHP è il pagamento per la scheda stessa.
I biglietti e le schede possono essere acquistati o ricaricati in distributori automatici e negli sportelli automatici nelle stazioni della metropolitana. Le macchine di pagamento automatiche, di regola, accettano monete e non accettano banconote e carte bancarie. Quando si va alla stazione, il biglietto deve essere collegato al lettore sul tornello e conservato fino alla fine del viaggio, perché quando si esce dalla metropolitana, il biglietto dovrà essere nuovamente scansionato al tornello. Se hai superato la tua stazione e il costo del viaggio è aumentato, il tornello non ti lascerà passare e dovrai pagare la differenza allo staff della metropolitana.