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Die MUNI zählt sechs Metrolinien und jede hat eigene Benennung, sowie den Buchstaben und Farbmarkierung: J Church (orange), K Ingleside (hellblau), L Taraval (lila), M Ocean View (grün), N Judah (blau) und T Third Street (rot). Die Linien fahren durch den Tunnel im Zentrum der Stadt. Zurzeit gibt es 118 Stationen, die Länge der Fahrbahn beträgt 59.2 km. Die MUNI fährt von 5:00 bis 1:00 Uhr wochentags, von 7:00 bis 1:00 Uhr am Samstag und von 8:00 bis 1:00 Uhr am Sonntag. Die Linien N Judah und L Taraval arbeiten rund um die Uhr. Zugfolgezeit ist von 6 bis 20 Minuten.
Ticket kostet 2.75 USD und wird in Form einer Papierkarte dargestellt und ist für 90 Minuten in allen Arten von öffentlichen Verkehrsmitteln gültig. Es ist bequemer und kostengünstiger, die Fahrt mit der Smartcard Clipper zu bezahlen. In diesem Fall wird das Fahrkosten 2.50 USD sein. Die Karte ist kostenlos. Es gibt auch Tickets für 1 Tag – 21 USD, für 3 Tage – 32 USD, für 7 Tage – 42 USD, für 1 Monat −75 USD. Touristen können eine spezielle CityPASS-Karte kaufen. Sie ist gültig für 9 Tage und erlaubt ohne Begrenzung mit den öffentlichen Verkehrsmitteln fahren und bietet verschiedene Rabatte und das Recht auf kostenlose Besuche vieler Sehenswürdigkeiten von San Francisco.
Tickets und Smartcards Clipper kann man in den Automaten an Bahnhöfen, sowie in den Büros des Stadttransportunternehmens erwerben und auffüllen. Die Automaten nehmen Bargeld bis zu 20 USD und auch Bankkarten an. CityPASS-Karten werden an freigegebenen Verkaufsstellen oder auf der Website des Unternehmens erworben. Wenn Sie zur Station gehen, müssen das Ticket oder Karte am Ableser beilegen. Andernfalls wird das Ticket als ungültig betrachtet und Sie erhalten eine Strafe. Während des Umsteigens müssen sie jedes Mal gescannt werden.